本科於民國四十六年十月從五官科分出獨立成科，首任主任為林俊卿醫師，其後為趙先正醫師、張鎰基醫師、廖繼華醫師、袁本治醫師和林振東醫師，以及現任主任袁建漢醫師，為國軍除三軍總醫院外，唯一合格耳鼻喉科醫師之訓練醫院，近五年來在SCI醫學雜誌發表數十篇論文，除提供南部軍民專業醫療服務外，亦致力於學術研究及文章發表。
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