- 民國34年10月抗戰勝利，國軍接受日軍軍方醫院，成立「軍政部南京陸軍醫院」。
- 民國37年，中共全面叛亂，和談破裂。
- 民國38年6月隨政府遷台，全院官兵及設備登利民輪，7月抵基隆。隨著時局變遷籌設復院「國防部陸海空軍第二總醫院」，於38年8月正式應診。
- 民國49年5月，正式定名為「陸軍第八O二總醫院」。除支援部隊軍陣醫療外，且負責高屏地區三軍官兵及軍眷醫療支援與服務。
- 民國66年終落腳於中正一路(原鳳山衛武營區前輕航空機場)，興建6層樓之醫療大樓。是當時南部地區醫療設備最完善的醫療院所、醫療核心之一。
- 民國84年，成立兒少緊急短期安置中心。
- 民國86年，繼三軍總醫院之後，成立國軍醫院的第二座心導管室。
民國86年，成立水質檢驗室。是國軍醫院唯一取得環保署環境檢測機構飲用水類檢驗室認可單位。 - 民國87年，實施精進案，納編屏東分院。本院更銜國軍高雄總醫院。
- 民國92年，成立SARS專責病房，並獲行政院評定為SARS有功醫療機關。
- 民國94年，接收聯勤所屬國軍高雄軍眷門診中心，並改銜國軍高雄門診中心附設民眾診療服務處。
- 民國95年，「新建軍陣醫療大樓新建工程」先期規劃構想書案。
- 民國96年，「新建軍陣醫療大樓」擴建計劃書。
民國96年，完成本院首例葉克膜裝置。 - 民國98年，莫拉克颱風首創南台灣，本院救災醫療小組進駐災區提供災區民眾及救災官兵醫療服務。
- 民國101年，東、南沙島遠距醫療建置啟用。大幅提升外、離島整體醫療服務品質。
- 民國102年，啟用軍陣醫療大樓。為南臺灣首座民航局核定之直昇機空運能量醫院。
- 民國103年，高雄石化氣爆。本院召回277員醫護人員返院執行醫療救護。
- 民國105年，0206臺南地震。本院立即派遣救災醫療小組投入救援行動。
民國105年，成立中暑防治中心。推動熱傷害預防及緊急應處教育訓練。 - 民國106年，成立放射腫瘤治療中心及美容醫學中心。提供更多元的醫療服務。
- 民國107年，啟用複合式手術室。將微創手術與3D影像技術結合，提高手術安全性。
- 民國108年，成立臨床檢驗毒物室，建立南部地區濫用藥物檢驗作業能量。於110年通過衛福部「濫用藥物尿液檢驗機構」認可。
民國108年，成立中醫科。以醫學中心的高規格提供中醫服務。 - 民國109年，以再生醫療技術及多專科整合治療本院首例腦脊隨損傷病人。
民國109年，成立疼痛整合治療中心及健康管理中心，是本院醫療服務亮點並提昇在地官兵民眾醫療服務品質。
民國109年，執行本院首例達文西手術。 - 民國110年，與越南胡志明市臺灣商會簽約特約健檢醫院，拓展高階健檢業務。
民國110年，完成首次防疫研討線上直播研討會。
民國110年，與高雄榮民總醫院共同舉辦軍陣醫學演練，以提昇戰時榮民傷病患輸轉作業效能。 - 民國112年，衛福部核定本院為具肝臟摘取移植手術醫院資格。
民國112年，成立睡眠中心，擁有專業醫療團隊、嶄新儀器及安靜溫馨的檢查室，以提供更好的服務品質。 - 民國113年，執行南部地區軍公民營醫療整合演練(外科前進小組FRSD)。
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